Krajowy System e Faktur (KSeF) wchodzi do codziennej praktyki nie tylko firm komercyjnych, ale także organizacji pozarządowych (NGO) oraz podmiotów ekonomii społecznej (PES). Dla wielu fundacji, stowarzyszeń, spółdzielni socjalnych czy spółek non profit to temat nowy, budzący wątpliwości – zwłaszcza tam, gdzie księgowość była dotąd prosta, a obieg dokumentów w dużej mierze papierowy.
Ten wpis powstał na podstawie webinaru poświęconego praktycznemu wdrożeniu KSeF w NGO i PES. Zebraliśmy w nim najważniejsze informacje, wyjaśnienia i konkretne kroki, które pozwolą przygotować organizację do pracy z KSeF bez chaosu i stresu. Webinar odbył 22 stycznia 2026 i był prowadzony przez Agnieszkę Pokus z Kancelarii Podatkowej POKUS.
Spis treści
ToggleZapis webinaru dla osób, które wolą oglądać
Jeśli chcesz zobaczyć cały webinar, możesz to zrobić poniżej. Jeśli wolisz czytać, to zapraszamy do dalszej części wpisu.
Czym jest KSeF i dlaczego dotyczy NGO oraz PES?
KSeF (Krajowy System e Faktur) to ogólnopolski system teleinformatyczny, w którym wystawiane i odbierane są faktury ustrukturyzowane. W praktyce jest on obowiązkowy już teraz – również dla podmiotów, które nie kojarzą się klasycznie z działalnością gospodarczą. Od 1 lutego brak dostępu do KSeF oznacza bowiem, że organizacja nie odbierze faktury wystawionej w tym systemie, nawet jeśli sama niczego nie sprzedaje.
KSeF dotyczy m.in.:
- fundacji i stowarzyszeń prowadzących działalność gospodarczą,
- podmiotów ekonomii społecznej sprzedających towary lub usługi,
- organizacji realizujących projekty odpłatne lub wystawiających faktury JST, firmom lub innym NGO,
- spółek non profit oraz spółdzielni socjalnych.
Co istotne – KSeF nie dotyczy wyłącznie wystawiania faktur. System obejmuje również odbieranie faktur, dlatego będzie miał znaczenie dla wszystkich organizacji, także tych małych, które nie prowadzą sprzedaży, ale otrzymują faktury od dostawców, wykonawców czy biur rachunkowych.
Jeżeli Twoja organizacja wystawia lub odbiera faktury, temat KSeF w organizacji pozarządowej i podmiocie ekonomii społecznej jest dla Ciebie realny – nie teoretyczny.
Najczęstszy błąd: „nas to nie dotyczy”
Jednym z najmocniej wybrzmiewających wątków webinaru było przekonanie obecne w wielu organizacjach:
„Nie sprzedajemy, jesteśmy mali, więc KSeF nas nie dotyczy”.
Jak podkreślała prowadząca webinar, to myślenie jest dziś po prostu nieaktualne. KSeF dotyczy nie tylko sprzedaży, ale przede wszystkim odbioru faktur, który od 1 lutego 2026 r. stał się elementem realnego obiegu dokumentów.
Oznacza to, że:
- nawet jeśli NGO nie wystawia żadnych faktur,
- nawet jeśli utrzymuje się wyłącznie z dotacji i darowizn,
- nawet jeśli ma bardzo prostą księgowość,
musi być przygotowana na odbiór faktur w KSeF, bo kontrahenci mogą je tam wystawić.
KSeF w NGO – co się realnie zmienia?
W organizacjach pozarządowych KSeF zmienia przede wszystkim codzienną praktykę administracyjną, a nie tylko kwestie techniczne.
Kluczowe sprawy:
- Faktura „przychodzi” do systemu, a nie na maila
W modelu KSeF faktura:
- nie musi być wysyłana e mailem,
- nie zawsze trafia do osoby, która dotychczas „zbierała faktury”,
- jest dostępna wyłącznie w systemie, jeśli kontrahent wystawi ją w KSeF.
Dla NGO oznacza to konieczność wyznaczenia osoby odpowiedzialnej za regularne sprawdzanie KSeF.
- Zmienia się rola zarządu
Jak podkreślano w webinarze, to zarząd:
- odpowiada za zapewnienie dostępu do KSeF,
- decyduje, kto ma uprawnienia,
- ponosi odpowiedzialność za brak odbioru faktury.
Nie da się tego w całości „zrzucić” na księgowość bez wcześniejszych decyzji formalnych.
- KSeF wpływa na projekty i dotacje
Choć KSeF nie zmienia zasad kwalifikowalności kosztów, to wpływa na:
- sposób pozyskania dokumentu,
- terminy obiegu faktur,
- organizację opisu dokumentów projektowych.
KSeF w podmiocie ekonomii społecznej – perspektywa praktyczna
Dla podmiotów ekonomii społecznej (spółdzielni socjalnych, spółek non profit, CIS, ZAZ) KSeF oznacza pełne wejście w standardy znane z biznesu, niezależnie od społecznego charakteru działalności.
W praktyce oznacza to:
- konieczność bieżącej kontroli faktur przychodzących,
- większą przejrzystość wobec JST i instytucji finansujących,
- mniejszą elastyczność „nieformalnych” rozwiązań.
Jak podkreślano podczas webinaru, KSeF wymusza uporządkowanie procesów, co dla wielu PES jest wyzwaniem, ale też szansą na profesjonalizację.
Kto w organizacji powinien mieć dostęp do KSeF?
Ten temat był jednym z najczęściej poruszanych w trakcie webinaru. Kluczowe przesłanie brzmiało: nie każdy musi mieć dostęp, ale ktoś musi go mieć na pewno.
W praktyce dostęp do KSeF w NGO/PES powinni mieć:
- pracownik odpowiadający za administrację i obieg dokumentów (zwłaszcza w mniejszych organizacjach będzie to członek zarządu),
- księgowa lub biuro rachunkowe, jeśli mają samodzielnie odbierać faktury z systemu.
Brak jasno wskazanej osoby odpowiedzialnej za KSeF to – jak zaznaczano – najkrótsza droga do problemów z fakturami i rozliczeniami.
Jak przygotować NGO lub PES do KSeF – krok po kroku
Przypomnijmy najważniejsze założenie: w NGO/PES KSeF to nie tylko wystawianie, ale też odbieranie faktur, więc zaczynamy od dostępu i uprawnień.
Krok 1: Zmapuj faktury – wystawiane i odbierane
Zrób krótką listę:
- komu wystawiasz faktury (jeśli wystawiasz),
- z jakiego tytułu (działalność gospodarcza, odpłatna, usługi dla JST, inne),
- jak często,
- od kogo najczęściej odbierasz faktury (np. dostawcy, księgowość, trenerzy, najem, media, telekomunikacja).
Dzięki temu od razu wiesz, czy organizacja potrzebuje dostępu „na już” głównie do odbioru faktur, czy również do ich wystawiania.
Krok 2: Ustal model współpracy z księgowością i wybierz „pierwszego użytkownika”
W praktyce w NGO/PES trzeba rozstrzygnąć dwie rzeczy:
- czy faktury (sprzedażowe) wystawia organizacja, czy biuro rachunkowe,
- kto w organizacji ma być pierwszą osobą z dostępem do KSeF (najczęściej członek zarządu).
To ważne, bo od tej osoby zależy później nadawanie kolejnych uprawnień (księgowej, pracownikom).
Krok 3: Złóż do urzędu skarbowego ZAW FA (jeśli jest potrzebny)
To punkt, który w NGO/PES jest często pomijany, a bez niego organizacja nie ruszy.
ZAW FA jest zawiadomieniem składanym do urzędu skarbowego, które pozwala wskazać osobę fizyczną uprawnioną do korzystania z KSeF w imieniu podmiotu (np. fundacji, stowarzyszenia, spółdzielni, spółki non profit) – zwłaszcza wtedy, gdy podmiot nie ma narzędzia do „pierwszego” uwierzytelnienia w KSeF (np. nie korzysta z pieczęci kwalifikowanej).
W praktyce – jeśli Twoja organizacja ma reprezentację zarządu i chce, aby konkretna osoba mogła zalogować się do KSeF i nadać kolejne uprawnienia, ZAW FA bywa obowiązkowym krokiem startowym.
Co przygotować do ZAW FA:
- dane organizacji (w tym NIP),
- dane osoby wskazywanej jako uprawniona (imię, nazwisko, PESEL),
- adres e mail do powiadomień,
- decyzję wewnętrzną w organizacji (kto i w jakim zakresie otrzymuje uprawnienia).
Po przyjęciu ZAW FA urząd nadaje wskazanej osobie uprawnienia, a organizacja może faktycznie rozpocząć pracę w KSeF.
Krok 4: Nadaj uprawnienia w KSeF (po starcie)
Gdy „pierwszy użytkownik” ma już dostęp do KSeF, należy:
- nadać uprawnienia biuru rachunkowemu / księgowej (tak, aby mogła odbierać faktury i pracować na dokumentach),
- ewentualnie nadać ograniczone uprawnienia pracownikowi administracyjnemu (np. podgląd/odbiór),
- ustalić, kto może wystawiać faktury i kto zatwierdza korekty.
Krok 5: Uporządkuj obieg dokumentów i procedury
Ustal proste zasady:
- kto sprawdza, czy faktura „przyszła” do KSeF,
- kto opisuje faktury pod projekt dotacyjny,
- kto akceptuje wydatki i pilnuje terminów,
- jak obsługujecie korekty i duplikaty.
Krok 6: Przetestuj proces na realnych fakturach
Zamiast „testów na sucho” najlepiej:
- odebrać kilka faktur w KSeF,
- przećwiczyć przekazanie ich do księgowości,
- sprawdzić, czy organizacja potrafi je szybko zidentyfikować i opisać projektowo.
Takie próby wychwytują najczęstsze problemy: brak uprawnień, brak osoby odpowiedzialnej za odbiór, chaos w obiegu.
KSeF a projekty dotacyjne i rozliczenia grantów
W webinarze mocno wybrzmiał wątek projektowy, szczególnie istotny dla NGO.
KSeF:
- nie zastępuje dokumentacji projektowej,
- nie zwalnia z obowiązku opisu faktur,
- nie zmienia zasad kwalifikowalności kosztów.
Zmienia natomiast sposób, w jaki faktura trafia do organizacji. Dlatego – jak podkreślano – warto już teraz:
- dostosować procedury projektowe,
- poinformować koordynatorów projektów o zmianach,
- ustalić, kto i kiedy pobiera fakturę z KSeF do dalszego rozliczenia.
Czy KSeF to tylko problem? Wnioski z webinaru
Choć podczas webinaru nie brakowało ostrzeżeń, pojawił się też wyraźny wątek pozytywny.
Dobrze wdrożony KSeF w organizacji pozarządowej i podmiocie ekonomii społecznej:
- porządkuje obieg dokumentów,
- zmniejsza ryzyko zagubionych faktur,
- ułatwia kontrole i rozliczenia z JST,
- zwiększa bezpieczeństwo podatkowe zarządu.
Kluczowe było jednak jedno przesłanie: KSeF nie wdraża się sam. Bez decyzji organizacyjnych i przypisania odpowiedzialności system stanie się źródłem chaosu.
FAQ – najczęstsze pytania o KSeF w NGO i PES
Czy organizacja pozarządowa, która nie sprzedaje, musi korzystać z KSeF?
Tak. KSeF dotyczy nie tylko wystawiania, ale również odbierania faktur. Jeżeli organizacja otrzymuje faktury od dostawców, wykonawców lub biura rachunkowego, musi mieć dostęp do KSeF, aby móc je odebrać.
Od kiedy brak dostępu do KSeF jest realnym problemem?
Od momentu, gdy kontrahent wystawi fakturę w KSeF. Bez dostępu do systemu organizacja nie odbierze faktury, co może opóźnić płatność, księgowanie i rozliczenia projektowe.
Czy biuro rachunkowe może obsługiwać KSeF w imieniu NGO lub PES?
Tak, ale tylko wtedy, gdy organizacja nada mu odpowiednie uprawnienia w KSeF. Sam fakt współpracy z biurem rachunkowym nie oznacza automatycznego dostępu do systemu.
Kto powinien być pierwszą osobą z dostępem do KSeF w organizacji?
Najczęściej jest to członek zarządu, ponieważ to on reprezentuje organizację i może nadawać dalsze uprawnienia innym osobom, np. księgowej czy pracownikowi administracyjnemu.
Czy trzeba składać ZAW-FA?
W wielu przypadkach tak. ZAW-FA jest wymagany, gdy organizacja chce wskazać osobę fizyczną uprawnioną do korzystania z KSeF w jej imieniu, szczególnie gdy nie korzysta z pieczęci kwalifikowanej. Bez tego kroku organizacja może nie być w stanie rozpocząć pracy w systemie.
Czy KSeF zmienia sposób rozliczania dotacji i grantów?
Nie. KSeF nie zmienia zasad kwalifikowalności kosztów, ale wpływa na sposób pozyskania faktury i jej dalszy obieg w organizacji. Nadal konieczny jest opis faktury i spełnienie wymogów grantodawcy.
Czy faktury z KSeF trzeba dodatkowo archiwizować?
Tak. Mimo że faktura znajduje się w systemie, organizacja nadal powinna przechowywać dokumentację projektową i księgową zgodnie z obowiązującymi przepisami oraz umowami dotacyjnymi.
Co jest największym ryzykiem przy braku przygotowania do KSeF?
Najczęstsze problemy to: brak odbioru faktur, opóźnienia w płatnościach, chaos w obiegu dokumentów oraz ryzyko błędów w rozliczeniach podatkowych i projektowych.
Podsumowanie
KSeF w organizacji pozarządowej i podmiocie ekonomii społecznej to nie „kolejny wymysł dla firm”, ale realna zmiana, która dotyczy również organizacji nieprowadzących sprzedaży.
Kluczowe jest zrozumienie, że:
- obowiązek obejmuje także odbiór faktur,
- dostęp do systemu i uprawnienia muszą być nadane świadomie,
- brak przygotowania może sparaliżować codzienne funkcjonowanie organizacji.
Im szybciej organizacja uporządkuje dostęp, role i procedury związane z KSeF, tym bezpieczniej przejdzie przez tę zmianę – bez pośpiechu i kosztownych błędów.